Действие игры продолжают историю начавшуюся еще в далёком 2012 году, после уничтожения "О-Сознания" . Получив сведения об этом, правительство решает развернуть масштабную военную операцию под кодовым названием "Фарватер" для получения контроля над ЧАЭС,но несмотря на тщательную подготовку, операция терпит фиаско. Для сбора информации о причинах провала Служба безопасности Украины направляет своего агента в центр Зоны. Дальнейшие события зависят только от игрока.

Вас ждут новые локации, монстры и герои, обновленная A-life система и интерфейс,а также возможность продолжить игру после завершения основной миссии. Всё это и много другого вы сможете найти в Зоне, окунувшиcь с головой в атмосферу S.T.A.L.K.E.R.